Bayer comenzó sus actividades en Paraguay en 1936, con la comercialización de Aspirina y productos químicos. A partir de 1951, Cofarma tomó la representación de Bayer en el país. En 1997 se constituyó como Bayer S.A., que integra la Región Cono Sur del Grupo Bayer. Las actividades de la empresa en Paraguay están diversificadas en los mercados de consumo masivo, farmacéutico, diagnóstico médico, agrícola y sanidad animal.